所长、党总支书记、中亚大气科学研究中心党支部书记

主持沙漠所全面工作。对新疆气象局负责，负责向上级的工作汇报。负责沙漠所的自身创新建设和新一轮改革；主持制定和领导实施沙漠所科研发展规划及改革方案；具体负责沙漠所改革、党建、干部队伍建设、组织机构、数值预报业务、专业气象服务等工作。联系沙漠边界层气象研究室和区域数值预报研究室。

副所长、党总支委员、中亚大气科学研究中心党支部委员
负责分管计划财务、业务服务（数值预报除外）、改善科研条件专项管理、决策咨询、生态文明建设和科技支撑平台等工作，联系中亚天气气候研究室、气象灾害防御研究室、财务科。

总工

协助所领导负责沙漠所科技创新发展重大规划、重点项目等领域的技术管理工作，以及推进沙漠所改革相关规章制度的完善,协助联系中亚天气气候研究室。