所长、党总支书记

主持沙漠所全面工作。对新疆气象局负责，负责向上级的工作汇报。具体负责沙漠所改革和专业气象服务工作。

专职副书记刘红霞：协助所长分管党建和党风廉政建设、纪检、巡察、精神文明建设、工会、团支部等工作。联系气象灾害防御研究室。

副所长、第二党支部书记

协助所长分管计划财务、决策咨询、管理创新等工作。联系中亚天气气候研究室、财务科。

副所长、第一党支部书记

协助所长分管科技管理、外事、改善科研条件专项、科技支撑平台等工作。联系树木年轮气候研究室、沙漠边界层气象研究室。

协助所长分管人事人才、行政后勤、维护稳定、安全生产、科普与宣传等工作。联系办公室。

协助所长分管对口援疆、业务服务、成果转化等工作。联系区域数值预报研究室。

总工

协助所领导负责沙漠所科技创新发展重大规划、重点项目等领域的技术管理工作，以及推进沙漠所改革相关规章制度的完善,协助联系中亚天气气候研究室。